La población negra de Ecuador se estableció al país como resultado de la esclavitud. Los primeros habitantes negros de Esmeraldas llegaron a sus costas de forma accidental a mediados del siglo XVI. Un barco que conducía a un grupo de esclavos de Panamá a Lima sufrió un naufragio y encalló en la costa esmeraldeña. Un grupo de hombres y mujeres negros supervivientes se escaparon al bosque y se establecieron en libertad. Se unieron con la población indígena de cayapas y otros grupos y con el tiempo formaron la llamada República de Zambosde Esmeraldas, que buscó el reconocimiento de las autoridades coloniales españolas de la capital en Quito.
Las autoridades no reconocieron de buena gana a estas comunidades de negros libres, que suponían un peligroso ejemplo para otros esclavos negros del país. Las autoridades permitieron la esclavización de muchos de ellos y fomentaron la institución esclavista en la región.
Poco tiempo después, en el interior del Reino de Quito los jesuitas fundaron varias haciendas de explotación agrícola y ganadera para abastecer sus colegios y conventos. Algunas de las haciendas más importantes se establecieron en la zona de Coangue, hoy conocida como el Valle del Chota. Los jesuitas fueron expulsados de todos los territorios de la Corona española en 1767, y sus esclavos negros pasaron a pertenecer a diferentes individuos e incluso al propio Rey de España. Hubo frecuentes contactos entre los negros del Valle del Chota y los de Esmeraldas, porque muchos de los primeros se escaparon hacia la costa en busca de su libertad. En el Valle del Chota los esclavos negros se dedicaban principalmente al cultivo de la caña de azúcar, pero también al cultivo de otros productos y a la ganadería, todo lo cual servía para abastecer los mercados de Quito.
La emancipación de todos los negros ecuatorianos no llegó hasta 185***, ya con Ecuador convertido en una república independiente. La abolición de la esclavitud no sirvió para que los negros ecuatorianos se integraran plenamente en la vida nacional. Su marginación económica, política y social continuó. Sólo a finales del siglo XIX tuvieron los negros acceso a la propiedad de la tierra, y siempre con problemas.
Las revoluciones liberales tuvieron en los negros esmeraldeños a sus mejores defensores. La revolución de Eloy Alfaro, a principios del siglo XX fue apoyada por muchos negros que se encontraban bajo un régimen de semiesclavitud, la concertación, o esclavitud por deudas ... de los padres y abuelos.
A paritir de la segunda década del siglo XX muchos esmeraldeños emigraron a Guayaquil y su zona de influencia. Esmeraldas siguió siendo una provincia eminentemente rural y de escasos recursos. El comercio se realizaba con Guayaquil y el sur de Colombia, de donde provienen muchos de los esmeraldeños de hoy. Sus vías de comunicación con el resto del país se hacían principalmente por mar. La carretera hacia el interior sólo fue un hecho en la segunda mitad del siglo.